Γεννήθηκε το 1933 στην Αλεξανδρούπολη και σπούδασε Νομικά. Γρήγορα όμως εγκατέλειψε τη Νομική επιστήμη και φοίτησε στην κινηματογραφική Σχολή Σταυράκου σκηνοθεσία. Το κινηματογραφικό του ντεμπούτο πραγματοποίησε το 1958, με το Έρωτας στους αμμόλοφους, ένα ιδιότυπο αγροτικό μελόδραμα. Το 1964, επανέρχεται με την Προδοσία, εντυπωσιακό ψυχολογικό δράμα την περίοδο της Κατοχής. Το 1966 παρουσίασε το Φόβο, τρίτη και δυστυχώς τελευταία του ταινία, που υπήρξε αναμφισβήτητα και η καλύτερή του. Η ταινία αποτέλεσε επίσημη συμμετοχή της Ελλάδας στο Φεστιβάλ Βερολίνου. Όμως, σ' αυτή την περίοδο, που ο εμπορικός κινηματογράφος κυριαρχούσε στην Ελλάδα, δεν ήταν εύκολο να ευδοκιμήσει ένας διαφορετικός κινηματογράφος. Ο Μανουσάκης περιθωριοποιήθηκε και υποχρεώθηκε ν' αποσυρθεί από την ενεργό σκηνοθεσία. Από το 1966 και μέχρι πρόσφατα, όλες του οι προσπάθειες να επανέλθει στο σινεμά δεν βρήκαν ανταπόκριση.